Sam, Autobot?lar ile Decepticon?lar arasında yaşanan ve kendisinin de tam ortasına düştüğü çatışmayı geçmişte bırakıp günlük hayata dönmek için çabalamaktadır.
Bu savaş her ne kadar gizli tutulursa tutulsun pek çok değişikliğe yol açmıştır. Sektör 7 bölümü bu arada dağıtılmış ve bölümün en sadık üyesi Ajan Simmons işten çıkarılmıştır. Onun yerine NEST adında yeni bir kurum kurulmuştur. Lennox ve Epps gibi tecrübeli komutanlardan yararlanılan NEST, Decepticon?larla ölümcül bir çatışmaya daha girilmesini önlemek için Autobot?larla birlikte çalışmaktadır. Ne yazık ki Ulusal Güvenlik Danışmanı Theodore Galloway, öngörülü biri olmadığından yaklaşan tehlikeyi tam olarak idrak edemez. Tüm savunma kurumlarının kontrolünü ele geçirmeye ve böylece onların gücüne sahip olmaya çalışan Galloway, kendince önemsiz bir kurum olarak gördüğü NEST?i, savaş tehlikesi ortadan kalktığı düşüncesiyle ortadan kaldırmayı amaçlar.
Sam uzak durmak istemesine rağmen kendisini tekrar Autobot?lar ile Decepticon?lar arasındaki savaşta bulur ve yine evrenin geleceği tehlikededir. Bu savaşta en büyük gücün anahtarı Sam?in elindedir. Arkadaşlarının ve NEST?deki dostlarının, hatta anne ve babasının yardımıyla Sam nihayet Witwicky?lerin doğuştan hakkını benimser ve ailesinin felsefesinden daha fazla saklanmaz: Fedakarlık yoksa, zafer de yok!